1　基因芯片概述

隨著人類基因組計(jì)劃( Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進(jìn)入后基因組時(shí)代（ Postgenome Era）向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對(duì)個(gè)體在不同生長發(fā)育階段或不同生理狀態(tài)下大量基因表達(dá)的平行分析，研究相應(yīng)基因在生物體內(nèi)的功能，闡明不同層次多基因協(xié)同作用的機(jī)理，進(jìn)而在人類重大疾病如癌癥、心血管疾病的發(fā)病機(jī)理、診斷治療、藥物開發(fā)等方面的研究發(fā)揮巨大的作用。它將大大推動(dòng)人類結(jié)構(gòu)基因組及功能基因組的各項(xiàng)基因組研究計(jì)劃。

基因芯片的工作原理與經(jīng)典的核酸分子雜交方法（southern 、northern）是一致的，都是應(yīng)用已知核酸序列作為探針與互補(bǔ)的靶核苷酸序列雜交，通過隨后的信號(hào)檢測進(jìn)行定性與定量分析，基因芯片在一微小的基片（硅片、玻片、塑料片等）表面集成了大量的分子識(shí)別探針，能夠在同一時(shí)間內(nèi)平行分析大量的基因，進(jìn)行大信息量的篩選與檢測分析。基因芯片主要技術(shù)流程包括：芯片的設(shè)計(jì)與制備；靶基因的標(biāo)記；芯片雜交與雜交信號(hào)檢測。

基因芯片的設(shè)計(jì)實(shí)際上是指芯片上核酸探針序列的選擇以及排布，設(shè)計(jì)方法取決于其應(yīng)用目的，目前的應(yīng)用范圍主要包括基因表達(dá)和轉(zhuǎn)錄圖譜分析及靶序列中單堿基多態(tài)位點(diǎn)（single nucleotide polymorphism，SNP）或突變點(diǎn)的檢測，表達(dá)型芯片的目的是在雜交實(shí)驗(yàn)中對(duì)多個(gè)不同狀態(tài)樣品(不同組織或不同發(fā)育階段、不同藥物刺激)中數(shù)千基因的表達(dá)差異進(jìn)行定量檢測，探針序列一般來自于已知基因的cDNA 或EST庫，設(shè)計(jì)時(shí)序列的特異性應(yīng)放在首要位置，以保證與待測目的基因的特異結(jié)合，對(duì)于同一目的基因可設(shè)計(jì)多個(gè)序列不相重復(fù)的探針，使最終的數(shù)據(jù)更為可靠。基因單堿基多態(tài)檢測的芯片一般采用等長移位設(shè)計(jì)法，即按靶序列從頭到尾依次取一定長度的互補(bǔ)的核苷酸序列形成一探針組合，這組探針是與靶序列完全匹配的野生型探針，然后對(duì)于每一野生型探針，將其中間位置的某一堿基分別用其它三種堿基替換，形成三種不同的單堿基變化的核苷酸探針，這種設(shè)計(jì)可以對(duì)某一段核酸序列所有可能的SNPs位點(diǎn)進(jìn)行掃描。

芯片制備方法主要包括兩種類型：(1)點(diǎn)樣法：首先是探針庫的制備, 根據(jù)基因芯片的分析目標(biāo)從相關(guān)的基因數(shù)據(jù)庫中選取特異的序列進(jìn)行PCR擴(kuò)增或直接人工合成寡核苷酸序列，然后通過計(jì)算機(jī)控制的三坐標(biāo)工作平臺(tái)用特殊的針頭和微噴頭分別把不同的探針溶液逐點(diǎn)分配在玻璃、尼龍以及其它固相基片表面的不同位點(diǎn)上，通過物理和化學(xué)的方法使之固定，該方法各技術(shù)環(huán)節(jié)均較成熟，且靈活性大，適合于研究單位根據(jù)需要自行制備點(diǎn)陣規(guī)模適中的基因芯片。(2)原位合成法：該法是在玻璃等硬質(zhì)表面上直接合成寡核苷酸探針陣列，目前應(yīng)用的主要有光去保護(hù)并行合成法，壓電打印合成法等，其關(guān)鍵是高空間分辨率的模板定位技術(shù)和高合成產(chǎn)率的DNA化學(xué)合成技術(shù)，適合制作大規(guī)模DNA探針芯片，實(shí)現(xiàn)高密度芯片的標(biāo)準(zhǔn)化和規(guī)模化生產(chǎn)。

待分析樣品的制備是基因芯片實(shí)驗(yàn)流程的一個(gè)重要環(huán)節(jié), 靶基因在與芯片探針結(jié)合雜交之前必需進(jìn)行分離、擴(kuò)增及標(biāo)記。標(biāo)記方法根據(jù)樣品來源、芯片類型和研究目的的不同而有所差異。通常是在待測樣品的PCR擴(kuò)增、逆轉(zhuǎn)錄或體外轉(zhuǎn)錄過程中實(shí)現(xiàn)對(duì)靶基因的標(biāo)記。對(duì)于檢測細(xì)胞內(nèi)mRNA表達(dá)水平的芯片，一般需要從細(xì)胞和組織中提取RNA，進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄，并加入偶聯(lián)有標(biāo)記物的dNTP，從而完成對(duì)靶基因的標(biāo)記過程，對(duì)于陣列密度較小的芯片可以用同位素，所需儀器均為實(shí)驗(yàn)室常規(guī)使用設(shè)備，易于開展相關(guān)工作，但是在信號(hào)檢測時(shí)，一些雜交信號(hào)強(qiáng)的點(diǎn)陣容易產(chǎn)生光暈，干擾周圍信號(hào)的分析。高密度芯片的分析一般采用熒光素標(biāo)記靶基因，通過適當(dāng)內(nèi)參的設(shè)置及對(duì)熒光信號(hào)強(qiáng)度的標(biāo)化可對(duì)細(xì)胞內(nèi)mRNA的表達(dá)進(jìn)行定量檢測。近年來運(yùn)用的多色熒光標(biāo)記技術(shù)可更直觀地比較不同來源樣品的基因表達(dá)差異，即把不同來源的靶基因用不同激發(fā)波長的熒光素標(biāo)記，并使它們同時(shí)與基因芯片雜交，通過比較芯片上不同波長熒光的分布圖獲得不同樣品間差異表達(dá)基因的圖譜，常用的雙色熒光試劑有Cy3- dNTP和Cy5- dNTP。對(duì)多態(tài)性和突變檢測型基因芯片采用多色熒光技術(shù)可以大大提高芯片的準(zhǔn)確性和檢測范圍，例如用不同的熒光素分別標(biāo)記靶序列及單堿基失配的參考序列，使它們同時(shí)與芯片雜交，通過不同熒光強(qiáng)弱的比較得出靶序列中堿基失配的信息。

基因芯片與靶基因的雜交過程與一般的分子雜交過程基本相同，雜交反應(yīng)的條件要根據(jù)探針的長度、GC堿基含量及片的類型來優(yōu)化，如用于基因表達(dá)檢測，雜交的嚴(yán)格性較低，而用于突變檢測的芯片的雜交溫度高，雜交時(shí)間短，條件相對(duì)嚴(yán)格。如果是用同位素標(biāo)記靶基因，其后的信號(hào)檢測即是放射自顯影，若用熒光標(biāo)記，則需要一套熒光掃描及分析系統(tǒng)，對(duì)相應(yīng)探針陣列上的熒光強(qiáng)度進(jìn)行分析比較，從而得到待測樣品的相應(yīng)信息。由于基因芯片獲取的信息量大，對(duì)于基因芯片雜交數(shù)據(jù)的分析、處理、查詢、比較等需要一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的數(shù)據(jù)格式，目前，一個(gè)大型的基因芯片的數(shù)據(jù)庫正在構(gòu)建中，將各實(shí)驗(yàn)室獲得的基因芯片的結(jié)果集中起來，以利于數(shù)據(jù)的交流及結(jié)果的評(píng)估與分析。

2　基因芯片的應(yīng)用

基因表達(dá)圖譜的繪制是目前基因芯片應(yīng)用最廣泛的領(lǐng)域，也是人類基因組工程的重要組成部分，它提供了從整體上分析細(xì)胞表達(dá)狀況的信息，而且為了解與某些特殊生命現(xiàn)象相關(guān)的基因表達(dá)提供了有力的工具，對(duì)于基因調(diào)控以及基因相互作用機(jī)理的探討有重要作用。人類基因組編碼大約100000個(gè)不同的基因，因此，具有監(jiān)測大量mRNA的實(shí)驗(yàn)工具很重要。基因芯片技術(shù)可清楚地直接快速地檢測出以1∶300000水平出現(xiàn)的mRNA，且易于同時(shí)監(jiān)測成千上萬的基因。目前，已能夠在1.6cm2面積上合成和閱讀含400000個(gè)探針的陣列，可監(jiān)測10000個(gè)基因的表達(dá)狀況。斯坦福大學(xué)的Brown用制備的酵母cDNA芯片，獲得酵母在不同細(xì)胞周期狀態(tài)以及在熱休克冷休克處理后其2473個(gè)基因的表達(dá)圖譜，較直觀地反應(yīng)了不同條件和狀態(tài)下基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控水平，從而為尋找基因調(diào)控的機(jī)理提供了一條有效的途徑。

定量監(jiān)測大量基因表達(dá)水平在闡述基因功能、探索疾病原因及機(jī)理、發(fā)現(xiàn)可能的診斷及治療的靶基因等方面具有重要價(jià)值的。Derisi等選用來自惡性腫瘤細(xì)胞系UACC903中的1161個(gè)cDNA克隆制成芯片，通過比較正常和腫瘤細(xì)胞的表達(dá)差異，發(fā)現(xiàn)在惡性腫瘤細(xì)胞中P21基因處于失活或關(guān)閉狀態(tài)，但在逆轉(zhuǎn)的細(xì)胞系中呈高表達(dá)。Golub等應(yīng)用cDNA 芯片檢測基因表達(dá)的差異進(jìn)行癌癥的分類，成功地區(qū)分出急性髓細(xì)胞性白血病（AML）和急性淋巴細(xì)胞性白血病（ALL），預(yù)期這種方法還能診斷出新的白血病種類。在炎癥性疾病類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA)和炎癥性腸病(IBD)的基因表達(dá)研究中，可檢測出炎癥疾病誘導(dǎo)的基因如TNF-α、IL或粒細(xì)胞集落刺激因子，同時(shí)發(fā)現(xiàn)一些以前未發(fā)現(xiàn)的基因如HME基因和黑色素瘤生長刺激因子。目前，大量涌現(xiàn)的人類ESTs給cDNA微陣列提供了豐富的序列資源，數(shù)據(jù)庫中ESTs代表了人類基因，因此ESTs微陣列可在缺乏其它序列信息的條件下用于基因發(fā)現(xiàn)和基因表達(dá)檢測，從而加快人類基因組功能分析的進(jìn)程。

基因芯片的另一重要應(yīng)用是基因多態(tài)位點(diǎn)及基因突變的檢測，現(xiàn)有大量實(shí)例說明，基因組多樣性的研究對(duì)闡明不同人群和個(gè)體在疾病的易感性和抵抗性方面表現(xiàn)出的差異具有重要意義，一旦對(duì)基因組的編碼序列進(jìn)行系統(tǒng)篩查，就有可能找出與疾病易感性有關(guān)的大量基因變異。基因芯片技術(shù)可大規(guī)模地檢測和分析DNA的變異及多態(tài)性。Wang等應(yīng)用高密度基因芯片對(duì)2.3Mb人類基因的SNP 進(jìn)行篩查，確定了3241個(gè)SNPs位點(diǎn)，顯示出大規(guī)模鑒定人類基因型的可能。Lipshutz等人采用含18,495個(gè)寡核苷酸探針的微陣列，對(duì)HIV-1基因組反轉(zhuǎn)錄酶基因(rt)及蛋白酶基因(pro)的高度多態(tài)性進(jìn)行了篩選，這些變異將導(dǎo)致病毒對(duì)多種抗病毒藥物包括AZT、ddI、ddC等表現(xiàn)出抗性，因此rt與pro的變異與多態(tài)性的檢測具有重要的臨床意義。隨著大量疾病相關(guān)基因的發(fā)現(xiàn)，變異與多態(tài)性分析將在疾病的診斷與治療方面體現(xiàn)出越來越重要的價(jià)值。Affymetrix公司已將P53 基因的全長序列和已知突變的序列制成探針集成在芯片上，可對(duì)與P53 基因突變相關(guān)的癌癥進(jìn)行早期診斷。Hacia等采用含96600個(gè)20聚寡核苷酸高密度陣列對(duì)遺傳性乳腺和卵巢癌BRCA1基因3.45kb的第11個(gè)外顯子進(jìn)行雜合變異篩選，結(jié)果準(zhǔn)確診斷出15個(gè)已知變異的患者樣品中的14個(gè)，而在20個(gè)對(duì)照樣品中未發(fā)現(xiàn)1例假陽性，表明DNA芯片技術(shù)在某些疾病相關(guān)基因可能的雜合變異的檢測方面所具有的靈敏度與特異性是令人滿意的。

芯片技術(shù)中雜交測序技術(shù)（sequencing by hybridization,SBH）是一種新的高效快速測序方法，也是基因芯片的另一重要應(yīng)用，其原理與芯片檢測多態(tài)位點(diǎn)相類似，即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進(jìn)行序列測定，用熒光標(biāo)記的待測序列與基因芯片上對(duì)應(yīng)位置的核酸探針產(chǎn)生互補(bǔ)配對(duì)時(shí)，通過確定熒光強(qiáng)度最強(qiáng)的探針位置，獲得一組序列互補(bǔ)的探針序列，據(jù)此可重組出靶核酸的序列。用含65536個(gè)8聚寡核苷酸的微陣列，采用SBH技術(shù)，可測定200bp長DNA序列采用67108864個(gè)13聚寡核苷酸的微陣列，可對(duì)數(shù)千個(gè)堿基長的DNA測序。

3　結(jié)束語

基因芯片技術(shù)的出現(xiàn)不過短短幾年時(shí)間，其發(fā)展勢頭十分迅猛，在生命科學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域得到廣泛地應(yīng)用，但其存在的缺陷也是相當(dāng)明顯的。首先是成本的問題，由于芯片制作的工藝復(fù)雜，信號(hào)檢測也需專門的儀器設(shè)備，一般實(shí)驗(yàn)室難以承擔(dān)其高昂的費(fèi)用，其次在芯片實(shí)驗(yàn)技術(shù)上還有多個(gè)環(huán)節(jié)尚待提高，如在探針合成方面，如何進(jìn)一步提高合成效率及芯片的集成程度是研究的焦點(diǎn)。而樣品制備的簡單化與標(biāo)準(zhǔn)化則芯片應(yīng)用進(jìn)一步普及的前提。雖然芯片技術(shù)還存在這樣或那樣的問題，但其在基因表達(dá)譜分析、基因診斷、藥物篩選及序列分析等諸多領(lǐng)域已呈現(xiàn)出廣闊的應(yīng)用前景，隨著研究的不斷深入和技術(shù)的更加完善基因芯片一定會(huì)在生命科學(xué)研究領(lǐng)域發(fā)揮越來越重要的作用。

關(guān)鍵詞： 基因芯片 基因組計(jì)劃 基因組時(shí)代